Non è un periodo felice per Barchi: la popolazione, già decimata e martoriata dall’orrore della peste, dal flagello delle carestie e dai passaggi delle razziatrici Compagnie di Ventura, viene coinvolta anche in una serie incessante di lotte sanguinose per il dominio sui vari castelli fra i numerosi e bellicosi signori locali (gli Sforza, i Malatesti, gli Ordelaffi, i Montefeltro e quelli, come gli Aragona di Napoli, che guidarono le truppe pontificie).

Queste lotte diedero il controllo del territorio, ora a uno ora all’altro signore fino a quando nel 1446 Sigismondo Malatesti vinse definitivamente ottenendo da papa Eugenio IV, l’investitura del territorio di Fano e del Vicariato Cesanense che comprendeva tra gli altri anche il castello di Barchi. Seguirono anni di pace e di ripresa economica, ma nel 1457 il duca d’Urbino Federico di Montefeltro invase il territorio dei Malatesti occupando Barchi e gran parte dei castelli con la forza e aprendo la strada, di fatto, a una nuova mirabile era.

Barchi rimarrà nell’orbita del Ducato di Urbino per quasi due secoli.