Con la scomparsa violenta dei maggiori cittadini fanesi e il venir meno dell’aiuto dell’antica alleata Venezia, i Malatesti trovarono libera la via della podesteria prima e del dominio di Fano poi.
Una speranza di liberazione si ebbe nel 1357 quando il cardinale Egidio d’Albornoz, sconfitto Galeotto I Malatesti, convocò a Fano il Parlamento della Marca da cui uscirono promulgate le celebri “constitutiones Aegidianae”, ma fu solo un’illusione perché Galeotto, proprio in quella sede, si vide riconoscere il dominio della città, seppur con il semplice titolo di “vicario”.
Era la Signoria che sarebbe durata per centosette anni, concludendosi con il ritorno della città sotto la diretta dipendenza del pontefice romano solo nel 1463.
In questo periodo i fanesi condussero una vita piuttosto agitata, ma anche attiva e abbastanza prospera, favorita dalla presenza di una piccola corte che seppe dare impulso alle arti e alle lettere e che accrebbe, abbellì e fortificò la città con opere ancora oggi parzialmente conservate.
Nel 1385, morto Galeotto, gli succedette il figlio Pandolfo III, morto a sua volta nel 1427, gli succedettero il fratello Carlo, signore di Rimini, e il figlio Galeotto Roberto il Beato che, ritiratosi in convento, lasciò la Signoria al fratello Sigismondo Pandolfo.
Il nuovo signore, tutto preso dalle continue guerre e dal gran sogno rinascimentale del suo tempio riminese, finì per trascurare Fano.
Nel 1463 dopo un lungo assedio, Federico da Montefeltro riuscì a sottrarre per sempre a Sigismondo la signoria di Fano introducendo la “libertas ecclesiastica”.