Le numerose lotte intestine che caratterizzarono il periodo della “libertas ecclesiastica” finirono per gettare la città in mano a un’oligarchia nobiliare egoista e litigiosa mentre la città cadeva in un disastroso stato di depressione economica e amministrativa.
L’appartenenza al Consiglio generale, divenne un privilegio riservato ai soli cittadini fanesi appartenenti alla nobiltà, con esclusione assoluta di artigiani ed esercenti le arti meccaniche e mercantili. Tutto ciò sotto l’occhio vigile di un Governatore prelato, di diretta nomina pontificia.
La città era costellata di chiese e conventi, immobile nella sua cinta di mura e bastioni, come quello cinquecentesco del Sangallo, destinato a proteggerla dai temuti sbarchi dei corsari turchi e saraceni, con il suo seicentesco porta-canale e con il fitto reticolato di strade e stradine del nucleo urbano, affiancate da basse casette a schiera alternate a severe dimore patrizie.
Fra gli aspetti positivi, da segnalare il mecenatismo di nobili e prelati che portò ad operare per Fano artisti famosi le cui opere abbelliscono ancor oggi le maggiori chiese e i palazzi cittadini; un mecenatismo che sostenne e alimentò gli studi e la cultura con la pubblicazione di opere letterarie, storiche e giuridiche, con la fondazione di accademie, l’allestimento di spettacoli, l’esecuzione di musiche corali e strumentali, la costruzione di biblioteche e l’apertura di scuole, seminari e collegi, anche a livello universitario.