Circa l’origine del libero comune, gli storici locali indicano il secolo XII e accennano l’esistenza di consoli già dall’anno 1114. Fu anche l’inizio di quei secoli di guerre municipali che avrebbero portato Fano, maggiore e più forte, a perseguitare la vicina Fossombrone e a salvarsi da una lega di città nemiche (Pesaro, Senigallia, Ravenna) alleandosi con Venezia. Grazie all’intervento della Serenissima nel 1141 si arrivò al patto che garantì la pace ventennale tra pesaresi e fanesi.
Ci furono tuttavia altre piccole guerre locali, in particolare contro Senigallia e Pesaro per il possesso di alcuni castelli lungo la Valle del Cesano e per quelli di Mombaroccio e Novilara (1202), né cessarono le prepotenze e i soprusi a danno di Fossombrone che solo nel 1294 riuscì a liberarsi del giogo fanese.
Fu in quegli anni che Fano subì un breve periodo di dominazione della casa d’Este fino a quando i comuni marchigiani giunsero a federarsi per resistere all’imperatore Federico II di Svevia che nel 1241 pose l’assedio a Fano, senza riuscire a conquistarla, ma devastandone il territorio.